Amaç: Kistik ekinokokkozis (KE), Echinococcus granulosus sensu lato’nun (s.I.) larval formu tarafından oluşturulan; insanları, çiftlik hayvanları ve yaban hayvanlarını etkileyen zoonoz karakterli bir enfeksiyondur. Son yıllarda yapılan moleküler ve taksonomik çalışmalar neticesinde, KE’ye beş kriptik türün bir kompleksi olan Echinococcus granulosus s.l.’nun yol açtığı kabul edilmiştir. Bu çalışmada, hidatid kist ile doğal enfekte bir yaban domuzu ve bir katırdan elde edilen kist materyallerinin morfolojik ve moleküler karakterizasyonları yapılmıştır. Yöntemler: gDNA izolasyonundan sonra spesifik primerler kullanılarak, mitokondrial sitokrom oksidaz subunit 1 (mt-CO1) gen bölgesi polimeraz zincir reaksiyon (PZR) ile çoğaltılmıştır. Amplifiye olan mt-CO1 PZR ürünleri saflaştırılıp, tek yönlü DNA dizi analizi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: GenBank’taki referans sekanslar ile kıyaslanması sonucunda, hidatid kist izolatlarının mt-CO1 gen bölgesi kısmi sekanslarının E. granulosus sensu stricto (G1-G3) sekanslarıyla %100 benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç: Bu çalışma, Türkiye’de yaban domuzlarında Echinococcus türlerinin moleküler karakterizasyonunun belirlenmesine yönelik yapılmış ilk çalışmadır.