Amaç: Giardia intestinalis ve Cryptosporidium spp. insanları ve çeşitli hayvanları enfekte eden, önemli zoonotik protozoon parazitlerdendir. Bu çalışmanın amacı, kedilerde G. intestinalis ve Cryptosporidium spp. varlığını belirlemek ve zoonotik bulaşma dinamikleri açısından izolatların moleküler karakterizasyonunu yaparak genotiplerini ortaya çıkarmaktır. Yöntemler: Kayseri ve Samsun illerinde, Haziran-Ekim 2020 tarihleri arasında toplam 100 kediden dışkı örneği toplanmıştır. Dışkı örnekleri, G. intestinalis’in β-giardin genini ve Cryptosporidium spp.’nin small subunit ribosomal RNA (SSU) rRNA genini hedefleyen nested polimeraz zincir reaksiyon (PZR) analizleri ile incelenmiştir. Tüm PCR ürünleri genotipleme için sekanslanmıştır. Bulgular: İncelemesi yapılan örneklerin 8’inde (%8,0) G. intestinalis pozitifliği belirlenirken, Cryptosporidium spp. enfeksiyonuna rastlanmamıştır. G. intestinalis izolatlarının sekans analizleri sonucu zoonotik assemblage B içerisinde olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Bu çalışma, kedilerde Cryptosporidiosis ve Giardiasis’in moleküler epidemiyolojisi üzerine mevcut bilgi birikimine katkı sağlamıştır. Ayrıca, elde edilen çıktılar G. intestinalis’in zoonotik bulaşma dinamikleri çerçevesinde kedilerin halk sağlığı açısından risk potansiyelini vurgulamıştır.