Amaç: Bağışıklık sistemi baskılanmış hastalar, fırsatçı bağırsak parazit enfeksiyonları bakımından risk altındadır. Bu çalışmada, bağışıklık sistemi baskılanmış hastaların dışkı örneklerinde Enterocytozoon bieneusi ve Encephalitozoon intestinalis ile diğer bağırsak protozoonlarının varlığının incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Solid organ tümörü nedeniyle kemoterapi alan ya da hematolojik malignitesi olan, romatolojik hastalıklar nedeniyle immünsüpresif tedavi gören, organ nakli yapılan ve HIV enfeksiyonu nedeniyle tedavi almakta olan toplam 100 hastadan dışkı örnekleri alınmıştır. Dışkı örnekleri nativ-lugol yöntemi, dışkı konsantrasyon, modifiye Kinyoun asit-fast ve trikrom boyama yöntemleriyle incelenerek protozoon varlığı araştırılmıştır. Dışkı örnekleri, indirekt floresan antikor yöntemi kullanılarak Enterocytozoon bieneusi ve Encephalitozoon intestinalis varlığı açısından da incelenmiştir. Bulgular: Hastaların %12’sinde, bir ya da daha fazla sayıda intestinal protozoon saptanmıştır. İntestinal protozoonların dağılımı ise %7 Blastocystis spp., %2 Blastocystis spp. + Dientamoeba fragilis, %1 Blastocystis spp. + Entamoeba coli, %1 Blastocystis spp. + Giardia intestinalis ve %1 G. intestinalis şeklindedir. Microsporidia spp. IFA yöntemi ile %4, kalkoflor boyama ile %8 oranında saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamızda, immünsüpresif hastalarda en fazla saptanan intestinal protozoon Blastocystis spp.’dir. Blastocystis türlerinin patojenitesi halen tartışmalı olup, immünsüpresif hastalardaki rolü tam olarak bilinmemektedir. Çalışmamızda bulunan bu oranlar normal toplumdaki prevalanslarla benzer olmakla birlikte; bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda bu mikroorganizmaların araştırılması, morbidite ve mortalitenin azaltılması açısından önem taşımaktadır.