Amaç: Bu çalışma, Kızılırmak Nehri’nin Nevşehir’in Ürgüp ve Gülşehir ilçelerinden geçen bölümünde, sorun oluşturan simuliid türlerinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amacıyla planlanmıştır Yöntemler: Mayıs-Eylül 2011 tarihleri arasında 150 adet simuliid larva örneklemesi yapılmıştır Toplanan larvaların önce morfolojik identifikasyonları yapılmış daha sonra moleküler analizleri gerçekleştirilmiştir Morfolojik teşhisleri yapılan örneklerden seçilen toplam 7 larva örneğinden genomik DNA ekstraksiyonunu yapılmış ve elde edilen DNA’ların parsiyel mitokondriyal cytochrome oxidase subunit 1 (mt-COI) ve ribozomal complete internal transcript spacer 2 ve parsiyel 28S (ITS-2/28S) gen bölgeleri amplifiye edilerek sekans ve filogenetik analizleri yapılmıştır Bulgular: Morfolojik incelemesi yapılan 150 simuliid larva örneğinin 85’i Simulium (S ) Wilhelmia sp, 46’sı S Wilhelmia lineatum, 19’u ise S Wilhelmia balcanicum olarak identifiye edilmiştir Mt-COI ve ITS-2/28S gen bölgeleri yönünden amplifikasyonları yapılan örneklerden S Wilhelmia sp için 3, S lineatum ve S balcanicum için de ikişer izolatın sekans analizleri yapılmıştır Filogenetik olarak izolatların her iki gen bölgesi için de tür bazlı olarak küme oluşturduğu görülmüş, sekans heterojenitesi S lineatum’da daha yüksek belirlenmiştir Wilhelmia alt soyundaki diğer türlerle kıyaslandığında S lineatum ve S balcanicum’un birbirine daha yakın olduğu saptanmıştır Sonuç: Bu çalışma ile Orta Kızılırmak Havzasında sorun oluşturan S Wilhelmia alt soyundaki karasinek türlerinin moleküler karakterizasyonu ve filogenileri üzerine bilimsel veriler sağlanmıştır (Turkiye Parazitol Derg 2015, 39: 33-40)