Mikroorganizmalar; insanın deri, gastrointestinal sistem, solunum sistemi ve genitoüriner sistem gibi doku ve organlarında kolonize olurlar. Bu mikroorganizmalara genel olarak insan mikrobiotası adı verilir. İnsan mikrobiotası genel olarak kommensal mikroorganizmalardan oluşur. İnsan vücudu üstünde ve içinde yerleşen bu kommensal mikroorganizmalar; bakteri, mantar, virüs, archealar ve parazitlerdir. Mikrobiota genomu insan genomundan 100 kat daha fazla bir büyüklüğe sahiptir. İnsan genomu sabit iken mikrobiyal genom insan ömrü boyunca insana uyumlu esnek bir değişkenliğe sahiptir. Yenidoğan ile iki yaşındaki çocuğun, ergen ile erişkinin, gebe ile yaşlının mikrobiotası farklı olduğu gibi kişisel ve ev içi beslenme alışkanlığı, antibiyotik kullanımı, doğum şekli ve hijyenle hatta bu gibi faktörlere bağlı olarak gün içindeki saatlerde bile mikrobiota ve mikrobiota genomu değişebilmektedir. İnsan immun sistem ve mikrobiotası çocukluk arkadaşları gibi doğumdan itibaren birbirleriyle oynayarak büyüyüp, gelişmekte ve olgunlaşmaktadır. Mikrobiota ile insan arasındaki birliktelik sadece çocukluk dönemine ait olmayıp hastalıkta ve sağlıkta ölüm onları ayırana kadar devam etmektedir. Bu derlemede; mikrobiotanın parazitolojide, otoimmun hastalıklarda, metabolik hastalıklarda ve kanserdeki rolü detaylandırılarak tedavide kullanım alanları üzerinde durulmuştur. Ayrıca mikrobiotanın intestinal immun sistem üzerindeki inflamatuar ve immunoregülatuar rolleri, doğal ve edinsel immun sitsem tarafından mikrobiota ve içeriğinin nasıl regüle edildiği açıklanmıştır.