Amaç: Bu çalışma, mitokondrial DNA sekansı temelinde güve sineklerinin (Diptera: Psychodidae) moleküler karakterizasyonunu, gelecek araştırmalarda bu sineklerin neden olduğu zararları ve vektörlük potansiyellerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Yöntemler: Mayıs 2016-Nisan 2017 yılları arasında Kayseri’nin çeşitli bölgelerinde konutların banyo, tuvalet ve bodrum duvarlarından toplam 240 ergin güve sineği toplanmıştr. Ergin sineklerin mitokondrial sitokrom oksidaz I (COI) gen bölgesini amplifiye eden spesifik primer çiftleri ile polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) analizleri yapılmıştır. Bulgular: Toplam 5 izolat moleküler karakterizasyon ve filogenetik analizler için jel pürifiye edilip sekanslanmıştır. İzolatların sekans analizleri ile Telmatoscopus albipunctatus (ERU-Telmatos3 ve ERU-Telmatos6) ve Psychodidae sp. (ERU- Psycho1, 4, 5) türleri identifiye edilmiştir. Filogenetik analizlere göre ERU-Telmatos3 ve ERU-Telmatos6 izolatları haplogroup A içinde, ERU-Psycho1, 4, 5 izolatları ise haplogroup B içinde kümelenmiştir. Aynı zamanda ERU-Psycho1 izolatı haplogroup B’de yeni bir haplotip olarak karakterize edilmiştir. Sonuç: Bu çalışma, Türkiye’de güve sineklerinin moleküler karakterizasyonu ve filogenetik durumu üzerine ilk moleküler verileri sağlamıştır. Çalışma ile elde edilen sonuçlar, myiasis nedeni güve sineklerinin bakteriyel patojenlerin taşınması ve mekanik vektörlük potansiyellerinin belirlenmesi üzerine gelecek araştırmaların ilk basamağı olması bakımından oldukça orijinaldir.