Pneumocystis carinii saptanan hastaların Bronkoalveoler lavaj (BAL) sıvılarında, ve deneysel Pneumocystis carinii infeksiyonu geliştirilen sıçanların akciğerlerinden hazırlanan preparatlar Giemsa, Methenamin Gümüş ve Gram-Weigert boyaları ile boyanarak incelenmiştir. Giemsa ile boyanan preparatlarda Pneumocystis carinii kistleri içindeki intrakistik cisimcikler boyanırken kist çeperinin boyanmadığı, trofozoitlerin ise sitoplazmaların mavi nukleuslarının ise menekşe renginde boyandıkları görülmüştür. Gram-Weigert ile yapılan boyalarda Pneumocystis carinii kistlerin çeperi koyu maviden siyaha kadar değişen renklerde boyandığı ve kistlerin orta' kısımlarının daha az boya aldıkları görülmüştür. Gram-Weigert ile yapılan boyamalarda Pneumocystis carinii trofozoitlerin ve kişilerdeki intrakistik cisimciklerin boyanmadıkları saptanmıştır. Gümüşlü methenamin ile boyanan preparatlarda Pneumocystis carinii kist çeperinin koyu kahve ve siyah olarak boyandığı, kistin orta kışının daha az boya aldığı gözlenmiştir. Gümüşlü methenamin ile de kişilerdeki intrakistik cisimcikler ve trofozoitler boyanmamıştır. Yapılan değerlendirmede Gümüşlü methenamin ve Gram-Weigert boyalan ile kistlerin daha kolay görülebilir olarak boyandıkları, Giemsa boyası ile ise kistlerin çeperi boyanmadığından gözden kaçabilecekleri ancak trofozoitlerin tipik olarak boyandıkları görülmüştür. Pneumocystis carinii tanısında Giemsa boyasının yanında kistleri daha kolay tanıtan Gram-Weigert veya Gümüşlü methenamin boya yöntemlerinin birinin daha uygulanması tanının daha duyarlı olarak yapılmasında yararlı bulunmuştur.