Amaç: Köpek tenyası adı da verilen Echinococcus granulosus’un sebep olduğu Kistik ekinokokkosiz, ekonomik önemi de olan ve dünya çapında görülen zoonotik bir enfeksiyondur. Başta Orta Doğu ülkeleri olmak üzere birçok ülkede halk sağlığını tehdit eden önemli bir parazitozdur. Suş karakterizasyonunun yapılması endemik alanlarda önleme ve kontrol stratejilerinin geliştirilmesinde esastır. Moleküler çalışmalar öncesinde parazit DNA’sının izolasyonu gerekli olduğu için bu çalışmada İran’ın Batı Azerbaycan ilinden elde edilen E. granulosus protoskolekslerinden DNA izolasyonu için dört farklı yöntemin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: İldeki birkaç mezbahadan koyun ve ineklerden hidatik kistlerin toplanmasından sonra, DNA örnekleri ticari DNA ekstraksiyon kiti, kaynatma, parçalama ve cam boncukların kullanımını içeren dört farklı yöntemle ekstrakte edilmiştir. Ekstrakte edilen bütün DNA örnekleri %1.3’lük agaroz jel elektroforezinde yürütülmüştür. Bulgular: Töntemler DNA kalitesi açısından, zaman, maliyet ve laboratuvar olanakları açısından karşılaştırılmıştır. Bütün yöntemlerde bazı avantaj ve dezavantajların olduğu belirlenmiştir. En fazla zaman alan ve maliyeti yüksek olan ticari kit yöntemi ile bir bant elde edilemezken cam boncuk yönteminin elektroforezde en iyi sonucu verdiği görülmüştür. Sonuç: Cam boncuk ve kaynatma yöntemlerinin hızlı, kolay ve maliyeti az olduğu için en uygun yöntemler olduğu belirlenmiştir. (Turkiye Parazitol Derg 2012; 36: 100-4)