Radioimmunopresipitasyon ve immunoblotting yöntemleri Toxoplasma antijenlerinin ayrıntılı olarak tanımlanmasına ve bu antijenlere karşı oluşan immun yanıtın anlaşılmasına olanak sağlamıştır. Bu tekniklerden yararlanılarak parazitin yaşam döngüsündeki dönemlerin antijenik analizleri de yapılmış ve değişik safhalarındaki antijenik benzerlikler ile ayrılıkları ortaya konmuştur. Diğer taraftan parazitin farklı bölge ve konaklardan izole edilen suşlarındaki antijenik farklılıklar da araştırılmıştır Bu suşların yaptığı enfeksiyonlarda ve antijenik analizlerinde bazı ayrılıklar belirlenmesine karşın immun cevapta belirgin farklılığın olmadığı gözlenmiştir. Toxoplasma takizoitlerinde yüzey, hücre içi ve ekskretuvar/sekretuvar olmak üzere 3 grup antijen tanımlanmıştır. Yüzeyde bulunan 43, 35, 30, 22, ve 4-6 kDa ağırlığındaki 5 majör antijenin immun sistemi ilk önce stimule ettiği saptanmıştır. Bu antijenlere karşı oluşan antikorların deney hayvanlarını enfeksiyona karşı koruyucu olduğu gösterilmiş ve aşı çalışmalarında umut verici bulunarak denenme çalışmalarına geçilmiştir. Rhoptri, dense body (dense granül) ve yüzeyin hemen altında bulunan hücre içi antijenlerinden bazılarının hemaglütinasyon ve latex hemaglütinasyon testlerinde yanıtın oluşmasında rol oynadıkları bildirilmiştir. En az 9 tane olduğu bildirilen ekskretuvar/sekretuvar antijenler hücre içermeyen kültür ortamlarında saptanmış, konak hücreye girişte ve parazitofor vakuol içinde konak hücrenin etkilerinden paraziti korumak için önemli oldukları bildirilmiştir.