Amaç: Bu çalışmada, farklı ön tanılarla endoskopi ve/veya kolonoskopi yapılan hastalardan işlem sırasında alınan örneklerde ve aynı hastaların dışkılarında Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis ve Cryptosporidium spp.’nin varlığının ELISA ve direkt mikroskobi yöntemleri ile araştırılması amaçlanmıştır. Yöntemler: Endoskopi yapılan 49, kolonoskopi yapılan 39 hasta olmak üzere toplam 88 hastadan endoskopik ve kolonoskopik yıkama/sürüntü materyali ve ayrıca aynı hastalardan dışkı örnekleri alınmıştır. Alınan tüm örnekler parazitoloji laboratuvarına aynı gün getirilerek direkt mikroskobik incelemeleri yapılmış, ELISA uygulanıncaya kadar -20 °C’de saklanmıştır. Bulgular: Tüm örnekler direkt mikroskobi ve ELISA yöntemi ile incelenmiştir. ELISA yöntemiyle yapılan incelemelerde; dışkı örneklerinin, 2’sinde (%2,3) E. histolytica, 4’ünde (%4,5) ise G. intestinalis saptanmıştır. Kolonoskopi yapılan hastaların kolonoskopik yıkama/sürüntü örneklerinin 6’sında (%6,8) G. intestinalis, 1’inde (%1,1) Cryptosporidium spp. saptanmıştır. Kolonoskopi yapılan hastaların dışkı örneklerinin hiçbirinde ve endoskopik yıkama/sürüntü örneklerinde ELISA ile parazit varlığı saptanmamıştır. Direkt inceleme yöntemiyle dışkı ve yıkama/sürüntü örneklerinde parazit saptanmamıştır. Endoskopi ve kolonoskopi yapılan hastalardan alınan yıkama/sürüntü örneklerinde G. intestinalis görülme durumu istatistiksel olarak karşılaştırıldığında aradaki fark anlamlı bulunmuştur (p<0,05). Endoskopi yapılan hastaların dışkılarında G. intestinalis görülme durumu karşılaştırıldığında cinsiyetler arasındaki fark önemli bulunmuştur (p<0,05). Sonuç: Gastrointestinal şikayeti olan, ve endoskopi ve kolonoskopi yapılan hastalarda direkt mikroskobi ile dışkı incelemesi ile parazit varlığının araştırılması yetersiz kalabilmektedir. Dışkı örneğinin direkt incelemesinin yanında endoskopi ve kolonoskopi işlemi sırasında kolayca alınabilecek yıkama/sürüntü materyallerinde parazit antijenlerinin araştırılmasının tanı koymada gerekli ve önemli olduğu düşünülmektedir.