Amaç: Bu çalışmada Van yöresinde sağlıklı görünümlü koyunlarda Enterocytozoon bieneusi’nin yaygınlığının moleküler yöntemlerle araştırılması ve saptanan izolatların genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntemler: Mayıs-Eylül 2021 tarihleri arasında Van yöresindeki çeşitli işletmelerden 38’i erkek 162’si dişi, 32’si süt emen, 38’i sütten kesilmiş kuzu ve 130’u da ergin olmak üzere toplam 200 Akkaraman ırkı koyun çalışmaya dahil edilmiştir. Koyunlardan toplanan dışkı örneklerinden ticari kitler ile genomik DNA (gDNA) ekstraksiyonu yapılmış ve elde edilen gDNA izolatlarında E. bieneusi DNA’sı ITS rRNA gen bölgesini amplifiye eden primerler yardımıyla Nested polimeraz zincir reaksiyon (PZR) yöntemi ile araştırılmıştır. Pozitif belirlenen izolatlara ait PZR ürünleri E. bieneusi’nin genotiplendirmesi ve filogenetik analizleri için sekans analizine tabii tutulmuştur. Bulgular: İncelenen 200 koyuna ait dışkı gDNA örneklerinin toplam 16’sında (%8,0) Nested PZR ile E. bieneusi DNA’sı belirlenmiştir. E. bieneusi pozitifliği en yüksek %18,8 ile süt emen kuzularda saptanmış bunu %10,5 ile sütten kesilmiş kuzular ve %4,6 ile de ergin koyunlar takip etmiştir. Enfeksiyonun yaygınlığı erkeklerde %7,9 dişilerde ise %9,3 olarak tespit edilmiştir. Sekans ve filogenetik analizler çalışmada belirlenen izolatların BEB6 genotipine ait olduğunu, Türkiye ve çeşitli ülkelerde farklı konaklardaki BEB6 izolatlarıyla birlikte kümelenerek E. bieneusi genogrup 2’de yer aldığını ortaya koymuştur. Sonuç: Bu çalışma ile Türkiye’de koyunlarda E. bieneusi enfeksiyonlarının yaygınlığı üzerine moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiş olup araştırma yöresinde yaygın genotipin BEB6 olduğu ortaya konulmuştur. Elde edilen sonuçlar E. bieneusi’nin koyunlarda moleküler epidemiyolojisi ve çeşitliliğine katkı sağlamıştır.