Bu çalışmayla ishal şikayeti olan immün yetmezlikli hastalarda, gastroenterit etkeni olabilecek bağırsak protozoonlarının tespiti için hangi laboratuar yöntemlerinden yararlanılması gerektiğini belirlemeye çalıştık. İmmün yetmezliği olup 10 günden uzun süren ishali olan 36 hasta ile immün yetmezlikli ishali olmayan 44 hasta çalışmaya dahil edildi. Alınan dışkı örneklerinde konvansiyonel yöntemler; nativ-lugol (NL), trikrom, modifiye asit fast (MAF), serolojik yöntemler; Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA), Direkt Floresan Antikor (DFA) ve moleküler yöntem; Polimerize zincir reaksiyonu (PZR), kullanılarak çalışma yapıldı. Çalışmamızın sonucunda, Giardia intestinalis, Cryptosporidium parvum, Blastocystis hominis ve Entamoeba histolytica gibi protozoonların immun yetmezlikli hastalarda uzamış ishallerin sorumlusu olabileceğini tespit ettik. Tanıda NL yöntemi ile dışkıda etken saptanamamış ise, Cryptosporidium spp.‘nin tanısı için DFA veya MAF; E. histolytica‘nın tanısı için ELISA veya trikrom boyama yöntemlerinin kullanılmasının uygun olacağı, G. intestinalis tanısında basit ve ucuz olan NL yönteminin tanıda yeterli olacağını serolojik ve moleküler yöntemlere ihtiyaç olmayacağı sonucuna varıldı. İmmün yetmezlikli hastalarda nötropeninin, bağırsak protozoon enfeksiyonlarının görülme sıklığının arttırmadığı ayrıca immün yetmezlikli olgularımızda steroid tedavisi verilmesinin, bu hastalıklar açısından bir risk faktörü oluşturmayacağı tespit edildi.